Le projet scientifique du Labex Futurs Urbains se concentre sur les priorités suivantes : considérer les discours politiques et scientifiques : encourager la recherche clinique relative à la mise en œuvre effective de ces réponses dans les villes du Nord et du Sud mondial ; encourager la recherche critique qui identifie les conditions de production de ces réponses et leurs effets différentiels  ; promouvoir un espace où la recherche clinique et la recherche critique peuvent entrer en dialogue et en soutien réciproque ; mettre en valeur dans toutes ces actions des perspectives comparatives internationales ou transnationales.

A la lumière de ces facteurs, le projet scientifique est recentré autour de trois axes :

Les dimensions matérielles et infrastructurelles du changement urbain
Activités urbaines et environnement 
Sociétés urbaines : vulnérabilités, résilience et gouvernance.