Le projet scientifique du Labex Futurs Urbains se concentre sur les priorités suivantes : considérer les discours politiques et scientifiques : encourager la recherche clinique relative à la mise en œuvre effective de ces réponses dans les villes du Nord et du Sud mondial ; encourager la recherche critique qui identifie les conditions de production de ces réponses et leurs effets différentiels  ; promouvoir un espace où la recherche clinique et la recherche critique peuvent entrer en dialogue et en soutien réciproque ; mettre en valeur dans toutes ces actions des perspectives comparatives internationales ou transnationales. A la lumière de ces facteurs, le projet scientifique est recentré autour de trois axes.

Les activités scientifiques du LABEX Futurs Urbains sont portées par 14 Groupes Transversaux dont la responsabilité scientifique est assurée par des chercheurs issus des laboratoires membres du LABEX. Dans le cadre de la formation, le LABEX poursuit un certain nombre d'actions au niveau du Master d'Urbanisme de l'École d'Urbanisme de Paris, du doctorat dépendant de trois écoles doctorales (Ville, transports et territoires | Sciences, Ingénierie et Environnement | Cultures et Sociétés). Depuis sa création, le LABEX a développé sa propre politique d'édition en collaboration avec les éditions l'Œil d'Or et inFolio.